企鹅孵化期为36~37天。孵化前期，适宜的温差变化有利于胚胎的发育，这时会由配对的企鹅轮流孵化，它们大约一天会交换一到两次；孵化进入中后期，配对企鹅轮流孵化的频率逐渐增加，为了防止踩蛋、弃蛋等危险的发生，工作人员才会进行人工孵化。为了不让大企鹅们起疑心，工作人员还会自制仿真蛋放在巢内，安抚大企鹅，等小企鹅人工孵化成功后，再将仿真蛋拿走，将企鹅宝宝还给大企鹅们。

　　2018年，鄂尔多斯海洋馆先后引进了12只巴布亚企鹅，同时，也开始进行企鹅在高原地区的繁殖研究。2021年，海洋馆首只极地企鹅宝宝破壳而出，成为自治区首例半人工成功孵化巴布亚企鹅的案例。截至目前，鄂尔多斯野生动物园已经成功孵育4只巴布亚企鹅，标志着极地企鹅可以在鄂尔多斯稳定繁殖。